En matière commerciale, contrairement aux échanges entres commerçants et particuliers, le paiement comptant est rare, et l'on parle souvent de paiement à 30 jours.

Si l'entreprise n'a pas la trésorerie nécessaire pour faire face aux délais consentis à ses clients, elle a la possibilité de solliciter de son banquier le rachat de ses titres de créance, on parle dans ce cas d'escompte.
Bien évidemment, comme la banque consent ici une avance, elle sollicite une rémunération de ce prêt à court terme, laquelle rémunération comporte plusieurs volets.
On appelle agios la globalité de cette rémunération.
Concrètement, la banque rachète (*) la créance pour un prix moins élevé que la valeur nominale, ce qui explique pourquoi l'on vous apprend à ôter commission d'escompte, commission fixe et TVA de la valeur nominale, et non pas à les ajouter.

(*) ce "rachat" ne signifie pas que la banque abandonne ses droits sur le cédant, autrement dit si le cédé ne paie pas, elle revient vers le cédant.

Voir aussi, sur Wikipedia :
Effet de commerce
Escompte commercial

Et un mémorandum plus général sur les mathématiques commerciales.